You missed the point.

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そういう問題ではないのです。

ここでの”miss”は、他動詞「外してしまう」。
よって、”miss the point”は、
「ポイント（要点）を外してしまう」で、ほぼ直訳。

ちゃんと説明したはずなのに、相手が的外れなことを言う時、
不満を感じるのが通常だろう。
その際に「あなたは分かってない」となじる表現。

文字通りなので、特に嫌みもなく、淡々とした文句。
相手の理解不足を告げるには、適切な言葉である。